社區旗艦計畫是一個為期3年的計畫，鼓勵基層社區發展協會推動具創新性、整合性與永續性的服務方案。計畫特點是由績優社區以母雞帶小雞的方式，來帶領周圍潛力型的社區，採跨社區、結盟合作方式，讓社區工作能更深入普及於社區基層。
中心輔導112-114年馬公社區福利化大旗艦計畫-「作伙攜手‧共生實踐浪潮下的韌性馬公」，接續將協助新社區能申請到中央115-117年計畫。